Une équipe dirigée par le groupe de Christian Drosten à la Charité – Universitätsmedizin Berlin a publié la première évaluation expérimentale et génomique systématique d’une hypothèse importante reliant le site de clivage de la furine du SARS-CoV-2 à une souche de coronavirus MERS adaptée en laboratoire, et les résultats sont sans équivoque : les données ne soutiennent pas le lien proposé.
L’étude, publiée dans PNAS, teste directement une hypothèse qui a occupé une place importante dans les débats sur les origines de la pandémie de COVID-19. L’hypothèse proposait que le motif polybasique unique du site de clivage de la furine (FCS) « RRAR » trouvé dans le SARS-CoV-2 pourrait dériver, techniquement ou par évolution, du motif « RRVR » présent dans la souche de laboratoire MA30 du MERS-CoV adaptée à la souris.
Ce que l’équipe a fait
Les chercheurs ont poursuivi trois axes de recherche indépendants. Premièrement, ils ont mené une analyse génomique à grande échelle de plus de 17 millions de génomes du SARS-CoV-2 déposés dans GISAID, recherchant spécifiquement la mutation S:684V qui convertirait le motif RRAR en séquence RRVR de type MA30. Deuxièmement, ils ont conçu des variants vivants du SARS-CoV-2 codant pour le motif RRVR et mesuré leur efficacité d’entrée dans plusieurs types cellulaires, y compris des cultures épithéliales respiratoires humaines. Troisièmement, ils ont réalisé des tests de compétitivité et des expériences de passage pour observer la trajectoire évolutive des variants RRVR.
Les résultats
L’analyse génomique a montré que la mutation S:684V se produisait de manière répétée mais seulement sporadique, elle n’a jamais été phylogénétiquement basale et a montré une propagation géographique et temporelle limitée, sans chaînes de transmission soutenue. Rien n’indique que les variants RRVR étaient ancestraux au SARS-CoV-2 circulant porteur du motif RRAR.
Les résultats expérimentaux étaient tout aussi clairs. Les virus modifiés avec RRVR ont montré une efficacité d’entrée constamment réduite par rapport au virus RRAR de type sauvage dans tous les systèmes cellulaires testés. Dans les tests de compétition directe, les variants RRVR ont été surpassés par le virus de type sauvage, ils avaient une aptitude moindre. Et lors du passage, les variants RRVR n’ont pas évolué vers RRAR. Ils ont plutôt accumulé des substitutions alternatives, ne montrant aucune pression sélective pour retrouver le motif natif de clivage de la furine.
« Ensemble, ces données ne soutiennent pas une relation évolutive ou génétique entre MERS-MA30 et le FCS du SARS-CoV-2 », concluent les auteurs.
Contexte
Le Groupe consultatif scientifique de l’OMS sur les origines des nouveaux pathogènes (SAGO) avait précédemment conclu que le lien n’était pas soutenu en 2025. Drosten était membre du SAGO et a déclaré ceci comme un conflit d’intérêts. Cette étude fournit la justification scientifique sous-jacente à cette conclusion, qui n’avait pas encore été publiée dans un format évalué par les pairs.
Le code et les données de l’article sont disponibles publiquement sur GitHub.
Sources :
1. Metzger SM, Jones TC, Meier JIJ, Richter A, Klassen MC, Olmer R, Diegmüller N, Heimsch KC, Drosten C. « Evaluation of a proposed link between the SARS-CoV-2 furin cleavage site and mouse-adapted MERS-coronavirus MA30. » PNAS. 2026;123(27):e2601806123. DOI: 10.1073/pnas.2601806123
Traduit par Lydie