2019年の最終月、世界はまさに不意を突かれようとしていることに気づいていなかった。SARS-CoV-2が武漢で静かに拡散し始める中、国際科学コミュニティは、どのウイルスが野生動物の間で循環しているのか、またそのうちどれがヒトの細胞を解錠する分子鍵を持っているのかを理解する上で、ほぼ盲目的に活動していた。監視インフラは単に存在しなかったのだ。
今、Nature Communicationsに発表された画期的な研究が、まさに欠けていた検出システムの種類を明らかにしている。カンボジアのストゥントレン州で3年間にわたり1,462匹のコウモリを体系的にサンプリングした国際研究チームは、33の完全なサルベコウイルスゲノムを生成し、4つの異なる新規ウイルス系統を特定した。そのうちの2つは、すでにヒトACE2受容体に結合できるスパイクタンパク質を持っている。この研究は、Horizon Europeの枠組みのBCOMINGプロジェクト、フランスANR、HERA DURABLE、NIH PICREIDプログラムによって資金提供されており、科学的進歩であると同時に、次のパンデミックがどれほど近いかを示す厳粛な警告となっている。
「2019年以前に世界が必要としていたのは、まさにこの種の、高リスクの動物とヒトの接点における体系的かつ長期的な監視である」と著者らは書き、データがそれを裏付けている。DOI参照番号は10.1038/s41467-026-75954-1である。
ストゥントレンのウイルスの驚異
メコン川が密な熱帯林と合流するカンボジア北東部の辺境地帯であるストゥントレン州は、異常なコウモリの生物多様性の本拠地である。研究は、SARS-CoV-2系統の祖先のリザーバーとして広く認識されている、キクガシラコウモリ属（Rhinolophus）に焦点を当てた。3年間にわたり、チームはコウモリを捕獲してサンプリングし、サンプル中に存在するすべてのRNAの不偏的な読み取りであるメタトランスクリプトミクスシーケンシングと、高精度で完全なウイルスゲノムを捕捉するためのターゲットアンプリコンシーケンシングの両方を適用した。
努力は見事に報われた。チームは、4つの異なる系統発生群に分類される33の完全なサルベコウイルスゲノムを再構築した。それぞれの群は異なるRhinolophus種に関連している。これはスナップショットではなく、リアルタイムで展開するウイルス進化の生きた肖像画である。データは、これらの系統が静的ではないことを示している。それらは驚くほど短い距離と時間スケールで移動し、組換えを起こし、急速に新しい変異形態を生み出す可能性のある方法で遺伝物質をシャッフルしている。
この発見は直ちに実用的な重要性を持つ。共循環するコロナウイルス間の組換えは、SARS-CoV-1とSARS-CoV-2の両方の出現の原動力となってきた。カンボジアのコウモリでそれが起こっているのを観察することは、科学者がパンデミック出現の生の原料が自然界で混ざり合っているのを見ることができることを意味する。
ACE2キー
4つの新規ウイルス群のうちの2つはすぐに際立っていた。その受容体結合ドメイン（RBD）、すなわち宿主細胞と物理的に接触するスパイクタンパク質の部分は、SARS-CoV-2自身のRBDと高い構造的類似性を示した。それだけで懸念を引き起こすのに十分だったが、チームはさらに一歩進んだ。
彼らはシュードウイルスを構築した。すなわち、これらの新規コウモリサルベコウイルスのスパイクタンパク質を表面に表示する非複製性ウイルス粒子である。これらのシュードウイルスをACE2受容体を発現する培養ヒト細胞に曝露すると、スパイクが機能した。シュードウイルスは細胞内に侵入し、これらのコウモリコロナウイルスが中間的な進化段階を必要とせずに、今すぐヒト細胞に感染する分子能力を持っていることを実証した。
シュードウイルスアッセイは、生ウイルスを実際に扱うことなく人獣共通感染症の可能性を機能評価する最も近い方法である。これは重要な疑問に答える：ウイルススパイクは実際にヒトACE2の扉を使用できるのか？4つの新規群のうちの2つについては、答えはイエスである。
これは、これらのウイルスの1つによるパンデミックが差し迫っていることを意味するものではない。コウモリウイルスがヒトの間で効率的に拡散できるかどうかを決定する要因は他にも多くあり、免疫回避能、複製動態、呼吸器飛沫を介した伝播能力などがある。しかし、ACE2結合ステップは間違いなく最も重要な分子的前提条件であり、これらのカンボジアのコウモリウイルスはすでにそのハードルをクリアしている。
監視の青写真
この研究を真にパラダイムシフトさせるのは、単一の発見ではなく、それが表す概念実証である。研究チームは偶然これらのウイルスに出くわしたわけではない。彼らは特定の地理的地域に出向き、高リスクのコウモリ種を特定し、複数年にわたって持続的かつ体系的なサンプリングを実施した。メタトランスクリプトミクスとアンプリコンシーケンシングを組み合わせてゲノム回収を最大化した。感染リスクを評価するために機能アッセイを実施した。そして、得られたゲノムデータを使用して、これらのウイルスが空間と時間を通じてどのように移動し進化するかを追跡した。
これはまさに、COVID-19以降、公衆衛生の専門家が求めてきた種類のパンデミックレーダーシステムである。しかし2019年には、同等の監視努力は散発的で、資金不足で、機能的なリスク評価に結びつくことは稀だった。対比は鲜明である。
SARS-CoV-2が出現する前から、ウイルス学者はキクガシラコウモリがSARS関連コロナウイルスの膨大な多様性を宿していることを知っていた。2017年に中国雲南省で行われた研究では、単一の洞窟にSARS-CoV-2のすべての遺伝的構成要素を含むウイルスが確認されていた。しかし、東南アジアで大規模な複数年の監視プログラムを実施している者はいなかった。新しいコウモリRBDがヒトACE2に結合できるかどうかをテストするためにシュードウイルスを構築している者はいなかった。ゲノム疫学を機能的検証および空間的追跡と統合している者はいなかった。科学は散在する隅々に存在していたが、点と点を結ぶインフラは存在しなかった。
今後の展望
カンボジアのコウモリ研究は、このインフラが今や構築可能であることを力強く示している。著者らは、高リスクの動物とヒトの接点での継続的な監視を明確に呼びかけている。この研究が実施されたBCOMINGプロジェクトは、まさにそのような枠組みを構築し、生物多様性ホットスポットでの病原体発見をパンデミック準備計画に結びつけるように設計されている。
しかし、レーダーを構築することは最初のステップに過ぎない。それを稼働させ続けるには、持続的な国際的資金、現地の能力構築、そして政治的意志が必要である。この研究は、欧米の資金提供機関のスープアルファベットによって支援された：BCOMING（Horizon Europe助成金101059483）、RhinoKHoV、ZooCoV（ANR-20-COVI-000）、HERA DURABLE、NIH PICREIDプログラム（U01AI151758）。これらの協力関係は、研究ネットワークが大陸をまたがるときに何が可能かを示しているが、永続的な監視能力であるべきもののために短期プロジェクト資金に依存することの脆弱性も浮き彫りにしている。
ストゥントレンの人々にとって、そして国際社会にとって、その重要性はこれ以上に高いものはない。カンボジア北東部のコウモリは、遠い理論上の脅威を宿しているわけではない。彼らは、ヒト感染の最も重要な分子的テストをすでに通過したウイルスを運んでいる。ゲノムデータと機能データはすでに手元にある。問題は、世界が2019年以前に聞き入れられなかった初期の警告とは異なる対応をするかどうかである。
本日Nature Communications（DOI：10.1038/s41467-026-75954-1）に発表されたこの研究は、CC BY 4.0ライセンスの下でオープンアクセスであり、誰でも自由に読み、共有し、発展させることができる。透明性へのこのコミットメントは、パンデミック科学がどうあるべきかのモデルそのものである。データは公開されている。方法は再現可能である。ウイルスはマッピングされている。残りは私たち次第である。
雅子 訳
注記： Nature Communications（2026年6月）の報道およびBCOMINGプロジェクトの資料に基づく。