Ce que l’estomac d’une baleine échouée nous dit des microbes invisibles de l’océan
Les cachalots pygmées comptent parmi les animaux les plus insaisissables de la planète. Ils passent leurs jours dans les profondeurs océaniques, plongeant des centaines de mètres pour chasser le calmar, ne faisant surface que brièvement, et se déplaçant en petits groupes quasi impossibles à suivre. L’espèce Kogia breviceps est connue presque exclusivement par les échouages, lorsque, pour des raisons encore mal comprises, des baleines individuelles s’échouent mortes ou mourantes sur les côtes du monde entier.
Le sud-est des États-Unis connaît une part disproportionnée de ces échouages. Sur 20 ans, de 1999 à 2020, les chercheurs du Harbor Branch de l’Université Florida Atlantic ont répondu à 59 échouages de cachalots pygmées le long des côtes de la Floride. Cette tragédie est aussi une opportunité scientifique: chaque échouage offre un rare aperçu de la biologie d’un animal qui autrement refuse de se révéler.
Chez quatre de ces baleines, les chercheurs ont découvert quelque chose d’inattendu, des bactéries en forme de spirale dans les tissus stomacaux, appartenant à trois génotypes jusqu’alors inconnus d’Helicobacter. Cette découverte, publiée dans le Journal of Wildlife Diseases (DOI: 10.7589/JWD-D-24-00204), soulève des questions qui dépassent largement une seule espèce de baleine.
La connexion Helicobacter
Helicobacter est surtout connu en médecine comme le genre responsable des ulcères gastroduodénaux chez l’humain, H. pylori, dont la découverte a valu à Barry Marshall et Robin Warren le prix Nobel 2005. Mais les espèces d’Helicobacter ne sont pas exclusives aux humains. On les trouve chez les chiens, les chats, les chevaux et, depuis 2000, chez les mammifères marins.
L’équipe de la FAU, dirigée par la vétérinaire Annie Page et l’autrice correspondante Wendy Marks, a identifié trois nouveaux génotypes d’Helicobacter chez les baleines échouées, qu’ils ont nommés Kogia Helicobacter 1, 2 et 3. Deux d’entre eux sont génétiquement proches de souches connues de cétacés et d’humains. Le troisième, Kogia Helicobacter 3, appartient à une lignée bien plus divergente, qui suggère qu’il pourrait exiger bien plus d’espèces d’Helicobacter chez les mammifères marins que ce que la science a répertorié.
« Deux des génotypes sont génétiquement similaires à des espèces d’Helicobacter déjà trouvées chez d’autres cétacés et chez les humains », a déclaré Marks. « Mais Kogia Helicobacter 3 appartient à une lignée plus divergente, ce qui souligne la possibilité qu’il existe bien plus de bactéries non découvertes dans l’océan que nous ne l’imaginons. »
Un fardeau caché de maladie
Les quatre baleines qui ont testé positif présentaient une pathologie gastrique visible: inflammation, ulcères, cicatrices et infestations de nématodes. Une baleine souffrait également de colite, suggérant que l’infection ne se limitait pas à l’estomac. Helicobacter n’a été mentionné comme cause de décès chez aucun des animaux, mais l’association constante avec des lésions tissulaires soulève une question dérangeante: l’infection chronique à Helicobacter pourrait-elle être un facteur dans la santé des baleines plongeuses que nous n’avons tout simplement pas pu étudier?
Chez l’humain, l’infection à H. pylori peut persister des décennies, provoquant une gastrite chronique et augmentant le risque d’ulcères gastroduodénaux et de cancer gastrique. Chez les baleines, les effets sont plus difficiles à évaluer car les animaux ne sont presque jamais observés vivants. Une faible énergie, une perte d’appétit et des régurgitations, symptômes observés chez d’autres mammifères marins captifs atteints d’Helicobacter, seraient invisibles chez un cachalot pygmée en liberté.
Si les infections à Helicobacter sont répandues et provoquent des maladies gastriques chroniques, elles pourraient affecter la santé individuelle, l’efficacité de la recherche alimentaire et, en fin de compte, la viabilité de la population pour une espèce déjà difficile à étudier et potentiellement vulnérable.
La valeur du réseau d’échouages
La contribution la plus profonde de l’article pourrait être méthodologique. Les 20 années de données de réponse aux échouages qui ont rendu ces découvertes possibles ont nécessité un engagement institutionnel soutenu, des financements, du personnel formé et la volonté de répondre à chaque appel, sachant que la plupart des échouages ne produiraient pas de résultats inédits.
« Ces recherches soulignent la valeur des programmes à long terme de réponse aux échouages de mammifères marins », a déclaré Page. « Sans la possibilité d’étudier ces animaux échoués pendant des décennies, nous n’aurions jamais découvert ces bactéries. »
Les résultats mettent également en évidence la diversité microbienne que l’océan contient probablement. La lignée divergente de Kogia Helicobacter 3 suggère que le genre Helicobacter dans les environnements marins est plus diversifié que ne le reflètent les bases de données actuelles. Chaque baleine échouée, en fin de compte, porte en elle un monde microbien que nous ne faisons que commencer à cartographier.
Reference: Marks et al., “Novel Helicobacter genotypes in pygmy sperm whales stranded along the Florida coast,” Journal of Wildlife Diseases 62(1), 2026. DOI: 10.7589/JWD-D-24-00204.
Traduit par Lydie