プレプリントの信頼性は、科学出版において長年にわたる議論の的となっている。懐疑派は、査読なしで公開された知見は本質的に信頼できないと主張する。一方、推進派は、プレプリントから出版に至るプロセスは不完全ではあるものの、全面的な覆りはほとんど起こらないと反論する。
Hao Yin氏とRuslan Rust氏（サザンカリフォルニア大学およびウェスタン大学）がbioRxivに発表した大規模分析は、これまでで最も包括的な定量的回答を提供する。Claude Sonnet 4.6を用いて、7万2644組のbioRxivプレプリント（2018～2025年）と対応する出版済みジャーナル論文における主要主張の変化を分類した結果、プレプリントの結論の大部分が査読後も実質的に維持されることが明らかになった。
数字で見る結果
分析した7万2644組のプレプリントとジャーナル論文のペアのうち：
- 39.9％は主要な結論に変更なし
- 50.0％は軽微な修正（言い換え、限定、主張の微調整）
- 10.2％は主要な修正（主張の実質的変更、効果の逆転、結論が肯定的から無に転じる）
傾向は改善している：主要修正は2019年の17.0％から2024年には5.7％に減少した。この減少は、プレプリント文化の変化を反映している可能性がある。すなわち、COVID初期の投稿は急ぎすぎていたが、現在では多くの著者が最初のプレプリント投稿前に査読スタイルの修正を取り入れている。
慎重な表現も変化した。85.6％のペアでは、主要主張の確実性のレベルは変わらなかった。変化があった場合、著者はより確信的になる（4.2％）よりも、より慎重になる（8.4％）傾向が約2倍高かった。
撤回率
プレプリントとして発表された論文は、プレプリントとして発表されなかった論文よりも撤回率が有意に低かった。bioRxivに最初に投稿された論文の撤回率は、論文1万件あたり8.1件であった。プレプリントとして一度も投稿されなかった論文の撤回率は、1万件あたり18.7件であり、比率は2.31（95％CI 1.20～4.45、p＝0.003）であった。
著者らは、これは観察による知見であり、プレプリント投稿が撤回リスクの低下を引き起こすという証拠ではないと注意を促している。プレプリントとして投稿された論文は、品質にも影響を与える点で非プレプリント論文と異なる可能性がある。例えば、プレプリントを選択する著者は自身の結果により自信を持っているかもしれない。
分野と時期による変動
主要修正率は分野によって大きく異なった。バイオインフォマティクスが最も低く7.2％、微生物学が最も高く17.5％であった。審査期間も変化と相関していた：出版に最も時間がかかった論文（中央値約416日）の主要修正率は14.1％であったのに対し、最も迅速に審査された論文（約110日）では7.0％であった。
主要な主張が変更された場合、副次的な主張の90％も変更されており、これは核心となる知見の修正が孤立した訂正ではなく、論文全体に連鎖的に波及する傾向があることを示唆している。
限界
この研究には重要な注意点がある。抄録のみを分析しており、方法、図、全文の結果の変更は捕捉されていない。最初のプレプリント版と出版版を比較しているため、著者主導の修正と査読による編集を分離することはできない。分析には単一のLLMを使用しており、これにより独自の分類誤差が生じるが、検証ではドメイン専門家との一致が示されている（コーエンのκ係数0.63～0.66、専門家間一致と同等）。出版に至らなかったプレプリントは除外されており、サンプルがより信頼性の高い論文に偏っている可能性がある。また、この研究はbioRxivのみを対象としており、結果はmedRxivや他のサーバーには一般化できない可能性がある。
この研究を報じたNatureのニュース記事はMohana Basu氏が執筆した。
出典
[1] Yin, H. & Rust, R.「Tracking claim changes from preprint to publication across 72,644 biomedical studies using large language models.」bioRxiv（2026）. DOI: 10.64898/2026.06.30.735556
[2] Basu, M.「Think preprints are unreliable？Analysis of 70,000 studies might change your mind.」Nature（2026）. https://www.nature.com/articles/d41586-026-02167-3
雅子 訳