L’allergie alimentaire a un problème de biologie : les traitements existants cessent d’agir dès que l’on arrête de les prendre. L’immunothérapie orale augmente la tolérance, mais la protection s’estompe sans exposition continue, et les patients vivent avec l’arithmétique constante de l’évitement d’une seule arachide. Une équipe du Boston Children’s Hospital a testé une idée fondamentalement différente : modifier la relation entre le système immunitaire et l’aliment en changeant les bactéries de l’intestin. Dans le premier essai de ce type chez l’humain, des transplantations de microbiote fécal ont calmé les allergies à l’arachide chez six adultes sur quinze, et les chercheurs en ont identifié le mécanisme.
L’essai, publié dans Science Translational Medicine, a inclus quinze jeunes adultes souffrant d’allergies sévères à l’arachide, qui réagissaient à moins de 100 milligrammes de protéine d’arachide (moins d’une demi-arachide). Dix d’entre eux ont reçu une dose unique de 36 capsules congelées de selles provenant de donneurs sains sans allergies alimentaires. Cinq ont été prétraités par antibiotiques pendant quatre jours afin de libérer de la place pour les bactéries des donneurs. Quatre mois plus tard, six participants, trois dans chaque groupe, toléraient nettement plus d’arachide : certains atteignaient 600 milligrammes ou plus, soit environ deux arachides et demie. Aucun effet indésirable grave n’a été signalé.
Pourquoi les antibiotiques comptaient
Le schéma des réponses en disait long sur la biologie. Trois des cinq participants prétraités par antibiotiques ont répondu, contre trois des dix ayant reçu la transplantation seule, et les prétraités pouvaient manger plus de quatre arachides avant de réagir. Éliminer les microbes intestinaux résidents semblait donner aux bactéries des donneurs une meilleure chance de s’implanter. Selon l’hypothèse des auteurs, les non-répondeurs n’ont peut-être pas laissé les nouvelles bactéries s’installer.
L’équipe a ensuite transposé l’expérience chez la souris, en transplantant des bactéries intestinales issues des selles des participants à des animaux prédisposés aux allergies. Les bactéries des répondeurs ont protégé les souris du développement d’une allergie aux protéines d’œuf ; les bactéries des participants très sensibles ont provoqué une allergie à l’œuf. L’expérience murine ayant utilisé un allergène différent, l’effet n’est probablement pas spécifique à l’arachide : la thérapie pourrait agir sur l’ensemble des allergies alimentaires.
Le mécanisme : les acides biliaires
La contribution la plus profonde de l’étude est mécanistique. Chez l’humain comme chez la souris, la protection était corrélée à une augmentation des métabolites d’acides biliaires, produits de la transformation des acides biliaires par les bactéries de l’intestin. Les bactéries clés étaient des espèces de Bacteroides, et le test de causalité a été décisif : la délétion du gène de l’hydrolase des sels biliaires dans une souche protectrice de Bacteroides a éliminé sa capacité à supprimer l’allergie alimentaire chez la souris.
Les acides biliaires se sont imposés au cours de la dernière décennie comme un axe de signalisation entre les bactéries intestinales et le système immunitaire. Les métabolites bactériens d’acides biliaires contribuent à façonner les lymphocytes T régulateurs, les cellules qui freinent l’inflammation allergique. Chez les répondeurs, la transplantation a stimulé les lymphocytes T régulateurs positifs pour ROR-gamma-t et réduit les lymphocytes T helper de type 2 qui pilotent les réponses allergiques. Le tableau est cohérent : les bactéries des donneurs, en particulier les Bacteroides, transforment les acides biliaires en métabolites qui multiplient les lymphocytes T régulateurs, rétablissant la tolérance orale.
Ce que cela signifie
L’essai est une preuve de concept de phase 1 : quinze patients, en ouvert, sans groupe témoin sous placebo. Le taux de réponse est réel mais modeste, la durabilité au-delà de quatre mois est inconnue, et la formulation pratique, des pilules de selles congelées, n’est pas la forme sous laquelle le traitement serait finalement administré. Les chercheurs testent déjà une formulation microbienne purifiée et concentrée, conservable dans un réfrigérateur domestique, ainsi qu’une étude associant l’approche à l’immunothérapie orale à l’arachide.
L’importance tient à la démonstration qu’une thérapie à base de microbiote peut améliorer l’allergie alimentaire chez l’humain, et à l’identification d’une voie moléculaire plausible, les métabolites d’acides biliaires et les lymphocytes T régulateurs, mesurable et optimisable. Si le mécanisme se confirme, la voie à suivre ne passe pas nécessairement par les transplantations, mais par des probiotiques ciblés : des souches bactériennes définies, conçues ou sélectionnées pour leur capacité à transformer les acides biliaires, administrées sous forme de pilule. Pour les quelque 33 millions d’Américains souffrant d’allergies alimentaires sévères, la promesse est celle d’un traitement qui modifie le système immunitaire plutôt que d’un traitement à prendre à vie.
Traduit par Lydie
Sources
- Rachid, R. et al. “Fecal microbiome transplant in food allergy in humans and mice identifies a role for bile acid metabolites in oral tolerance.” Science Translational Medicine 18: eaee3263 (2026). DOI: 10.1126/scitranslmed.aee3263
- Nature news, “First poo transplant to treat food allergy in people has ‘exciting’ results,” August 5, 2026
- Medical Xpress / Boston Children’s Hospital, August 2026