Les premiers génomes anciens de la variole jamais mis au jour sur le continent américain proviennent de deux personnes inhumées dans le nord du Chili lors d’une épidémie qu’aucune archive écrite ne mentionne. Ces génomes ne se contentent pas de confirmer que la colonisation européenne a transporté le virus de l’autre côté de l’Atlantique. Ils saisissent la variole, le virus responsable de la maladie, à un moment étrange de sa propre évolution : une période d’environ deux siècles, au plus fort des épidémies coloniales, durant laquelle son rythme de changement génétique a ralenti de plusieurs fois, suivie d’une accélération coïncidant avec la diffusion de la vaccination. Publiée dans Science, cette découverte montre que l’évolution d’un pathogène peut être façonnée par la démographie humaine avec autant de force que par sa propre biologie.
Les historiens connaissent depuis longtemps les grandes lignes du récit. La variole atteint les Caraïbes vers 1518, le Mexique vers 1520 et la frontière nord de l’Empire inca vers 1525. Au Chili, une épidémie survenue en 1561 est généralement considérée comme la première introduction confirmée de la maladie. Le virus est ensuite réapparu par vagues, tuant entre 3 et 4 millions de personnes, peut-être plus, à travers les Amériques, pour la plupart des Autochtones sans immunité préalable. Mais le récit écrit a été produit presque entièrement par les colonisateurs, et il est biaisé : il reflète ce que les administrateurs coloniaux voyaient, pas nécessairement ce qui se passait au sein des communautés autochtones. Pendant des décennies, cela a laissé une lacune tenace. Les chercheurs avaient mis au jour des génomes anciens de Salmonella enterica, de parvovirus, d’hépatite B et de pian dans des sépultures de l’époque coloniale aux Amériques, mais jamais de variole, et l’absence de preuves moléculaires a nourri des doutes discrets sur le fait que les historiens avaient identifié le bon coupable des grandes épidémies.
La nouvelle étude comble cette lacune grâce à deux individus momifiés naturellement, issus du cimetière Camarones 9, près d’Arica, dans l’extrême nord du Chili, un site associé à la sphère inca et aux premières influences européennes. L’équipe, dirigée par Bruno Romero González, doctorant au Trinity College Dublin, avec des chercheurs de l’université du Chili et de l’Universidad de Tarapacá, a examiné 13 échantillons d’os à la recherche de pathogènes anciens. Deux se sont révélés positifs au virus de la variole : une femme adulte, morte entre 30 et 35 ans, et un jeune homme de 18 à 20 ans, tous deux identifiés à partir de fragments de fémur. Les génomes ont été reconstitués avec une couverture moyenne de 84,851 fois et de 3,206 fois, et ils sont identiques à 99,912 %, une forte preuve que les deux personnes sont mortes lors de la même épidémie, de la même souche en circulation.
Les momies elles-mêmes confirment l’identité des victimes. Leur ADN mitochondrial appartient aux haplogroupes A2 et B2, deux lignées panaméricaines encore communes sur le continent aujourd’hui, et les tests statistiques n’ont décelé aucune ascendance européenne détectable. L’infection, autrement dit, se propageait localement parmi les Autochtones, et pas seulement parmi les colons fraîchement arrivés. La datation au radiocarbone de cheveux d’un des individus, calibrée avec une correction pour la composante marine du régime alimentaire côtier, combinée aux estimations d’horloge moléculaire tirées des génomes viraux eux-mêmes, situe leur mort entre 1492 et 1631, en plein cœur de la période coloniale précoce. Les chercheurs datent la divergence de cette lignée aujourd’hui disparue, qu’ils appellent CAM9, aux alentours de 1296, ce qui la place, sur le plan évolutif, entre les souches européennes du haut Moyen Âge et les lignées qui ont donné naissance à la variole du XVIIe au XXe siècle. Le virus est arrivé avec le colonialisme, et ses plus proches parents étaient européens.
La découverte tient en partie à un hasard de conservation. Les échantillons d’os ont été prélevés dans les années 1990 pour des études d’ascendance humaine, et non pour la recherche de pathogènes, et l’ADN humain qu’ils contenaient était terriblement dégradé. L’ADN viral a bien mieux survécu. La sérendipité s’étend aussi à une énigme de longue date sur le site : des lésions cutanées observées sur certaines momies de Camarones, d’un à cinq millimètres de diamètre et concentrées sur le tronc, avaient été attribuées à une exposition chronique à l’arsenic, présent de façon endémique dans les eaux et les sols de la région. Les auteurs suggèrent que certaines de ces lésions pourraient en réalité avoir été des pustules de variole, et que la communauté a subi les deux expositions à la fois.
La surprise la plus profonde réside dans le tempo évolutif du virus. À travers l’arbre généalogique de la variole, la spécialisation sur l’hôte passe par l’inactivation de gènes : les gènes devenus superflus chez un virus qui ne vit que dans l’espèce humaine accumulent des mutations invalidantes, et les auteurs comptent environ un à deux événements de ce type par siècle le long des branches précoces. Ce tempo s’est maintenu dans la lignée CAM9 jusqu’au milieu du XVIe et au début du XVIIe siècle. Puis, pendant environ deux siècles, de la fin du XVIe à la fin du XVIIIe siècle, le rythme du changement s’est effondré. Les substitutions synonymes, le tic-tac neutre de l’horloge moléculaire, ont chuté de 3,1 à 3,8 fois par rapport aux autres branches, tandis que les changements altérant les protéines ont baissé moins fortement, et le rapport entre les deux a augmenté. Aucun nouvel événement d’inactivation de gènes ne s’est fixé après le milieu du XVIe et le début du XVIIe siècle. Les auteurs interprètent cela comme une stase évolutive : un virus parvenu à une relation hautement optimisée avec son hôte humain, se propageant avec un tel succès parmi des millions de personnes immunologiquement naïves qu’il n’y avait guère de pression pour changer. Lorsque la vaccination a commencé à se diffuser au XIXe siècle, l’immunité a augmenté et le taux de substitution est reparti à la hausse.
Cette interprétation est contestée. Hendrik Poinar, généticien de l’évolution à l’université McMaster, qui n’a pas participé aux travaux, soutient que les virus ne cessent pas vraiment d’évoluer : ils s’ajustent constamment aux défenses de leur hôte. Il suggère que la souche chilienne pourrait en réalité avoir été moins virulente que la variole qui a suivi, et fait remarquer que même un virus relativement bénin aurait eu un impact extrême sur une population sans exposition préalable. Quoi qu’il en soit, les momies documentent ce que les archives ne pouvaient pas : une épidémie qui a traversé une communauté autochtone de la sphère inca, loin des épidémies décrites dans les chroniques coloniales, sans aucune trace écrite.
La découverte soulève aussi la question de savoir comment la variole a atteint si tôt l’extrême nord du Chili. Les chercheurs notent que l’origine géographique précise de la lignée CAM9 ne peut être déduite, et qu’ils ne peuvent exclure la possibilité que l’ancêtre de toutes les souches du XXe siècle ait lui aussi traversé l’Atlantique au cours de la même période. La propagation a pu suivre des réseaux d’échanges autochtones bien antérieurs à l’arrivée des Européens, une voie invisible pour les archives coloniales. Pour la recherche moderne sur les maladies infectieuses, l’étude rappelle que les mouvements de population, l’immunité et les mesures de santé publique sont des forces évolutives à part entière, aussi pertinentes pour la grippe, la COVID-19 et le mpox qu’elles l’étaient pour le virus qui a tué des millions de personnes aux Amériques. Deux personnes momifiées, inhumées lors d’une épidémie que personne n’a consignée par écrit, se sont révélées porter la réponse.
References
Bruno Romero González et al., The genomic identity of early smallpox in South America. Science 393, 504-508 (2026). DOI: 10.1126/science.aee6957.
Lizzie Wade, Ancient DNA confirms historical accounts of how smallpox got to the Americas. Science, 30 July 2026.
Trinity College Dublin, Ancient smallpox genomes reveal how European colonisation brought the disease to the Americas. EurekAlert! press release, 30 July 2026.
Adithi Ramakrishnan, Ancient mummy DNA connects smallpox to European colonization. Associated Press, 30 July 2026.
Traduit par Lydie