Dans les derniers mois de 2019, le monde ignorait qu’il allait être pris au dépourvu. Alors que le SARS-CoV-2 commençait sa propagation silencieuse à Wuhan, la communauté scientifique mondiale opérait presque à l’aveugle pour comprendre quels virus circulaient dans la faune sauvage et lesquels parmi eux détenaient les clés moléculaires pour déverrouiller les cellules humaines. Les infrastructures de surveillance n’existaient tout simplement pas.
Aujourd’hui, une étude majeure publiée dans Nature Communications révèle exactement le type de système de détection qui faisait défaut. En échantillonnant systématiquement 1 462 chauves-souris pendant trois ans dans la province cambodgienne de Steung Treng, une équipe de recherche internationale a produit 33 génomes complets de sarbecovirus et identifié quatre lignées virales distinctes, dont deux portent des protéines de spicule capables de se lier au récepteur ACE2 humain. L’étude, financée par le projet BCOMING dans le cadre d’Horizon Europe, l’ANR française, HERA DURABLE et le programme NIH PICREID, sert à la fois de percée scientifique et de rappel saisissant de la proximité de la prochaine pandémie.
« C’est précisément ce type de surveillance systématique et longitudinale aux interfaces homme-animal à haut risque dont le monde avait besoin avant 2019 », écrivent les auteurs, et les données leur donnent raison. La référence DOI est 10.1038/s41467-026-75954-1.
Le Ménagerie Viral de Steung Treng
La province de Steung Treng, une région reculée du nord-est du Cambodge où le Mékong rencontre une forêt tropicale dense, abrite une biodiversité exceptionnelle de chauves-souris. L’étude s’est concentrée sur les chauves-souris fer à cheval du genre Rhinolophus, le même groupe largement reconnu comme le réservoir ancestral de la lignée du SARS-CoV-2. Pendant trois ans, l’équipe a capturé et échantillonné des chauves-souris, en appliquant à la fois le séquençage métatranscriptomique, une lecture non biaisée de tout l’ARN présent dans un échantillon, et le séquençage ciblé par amplicons pour capturer des génomes viraux complets avec une haute fidélité.
Le travail a largement porté ses fruits. L’équipe a reconstruit 33 génomes complets de sarbecovirus qui se regroupent en quatre groupes phylogénétiques distincts, chacun associé à une espèce différente de Rhinolophus. Ce n’est pas un instantané ; c’est un portrait vivant de l’évolution virale en temps réel. Les données montrent que ces lignées ne sont pas statiques. Elles migrent et se recombinent sur des distances et des échelles de temps remarquablement courtes, remaniant leur matériel génétique de manière à pouvoir produire rapidement de nouvelles formes variantes.
Cette découverte a une importance pratique immédiate. La recombinaison entre coronavirus co-circulants a été un moteur de l’émergence du SARS-CoV-1 et du SARS-CoV-2. Voir ce processus chez les chauves-souris cambodgiennes signifie que les scientifiques peuvent observer les ingrédients bruts de l’émergence pandémique se mélanger dans la nature.
La Clé ACE2
Deux des quatre nouveaux groupes viraux se sont immédiatement distingués. Leurs domaines de liaison au récepteur (RBD), la partie de la protéine de spicule qui entre physiquement en contact avec les cellules hôtes, présentaient une forte similarité structurelle avec le RBD du SARS-CoV-2 lui-même. Cela suffisait à susciter des inquiétudes, mais l’équipe est allée plus loin.
Ils ont construit des pseudovirus : des particules virales non réplicatives affichant les protéines de spicule de ces nouveaux sarbecovirus de chauves-souris à leur surface. Lorsqu’ils ont exposé ces pseudovirus à des cellules humaines cultivées exprimant le récepteur ACE2, les spicules ont fonctionné. Les pseudovirus ont pénétré les cellules, démontrant que ces coronavirus de chauves-souris ont la capacité moléculaire d’infecter les cellules humaines dès maintenant, sans nécessiter d’étapes évolutives intermédiaires.
Le test pseudovirus est la chose la plus proche que les scientifiques aient d’un test fonctionnel du potentiel zoonotique sans manipuler de virus vivant. Il répond à la question cruciale : la spicule virale peut-elle utiliser la porte ACE2 humaine ? Pour deux des quatre nouveaux groupes, la réponse est oui.
Cela ne signifie pas qu’une pandémie causée par l’un de ces virus est imminente. De nombreux autres facteurs déterminent si un virus de chauve-souris peut se propager efficacement chez les humains, notamment la capacité d’évasion immunitaire, la cinétique de réplication et la capacité de transmission par gouttelettes respiratoires. Mais l’étape de liaison à l’ACE2 est sans doute le prérequis moléculaire le plus important, et ces virus de chauves-souris cambodgiennes franchissent déjà cette barre.
Un Plan de Surveillance
Ce qui rend l’étude véritablement révolutionnaire n’est pas une découverte unique, mais la preuve de concept qu’elle représente. L’équipe de recherche n’est pas tombée sur ces virus par hasard. Ils se sont rendus dans une région géographique spécifique, ont identifié des espèces de chauves-souris à haut risque et ont mené un échantillonnage systématique et soutenu sur plusieurs années. Ils ont combiné la métatranscriptomique avec le séquençage d’amplicons pour maximiser la récupération des génomes. Ils ont effectué des tests fonctionnels pour évaluer le risque de transmission. Et ils ont utilisé les données génomiques résultantes pour suivre comment ces virus se déplacent et évoluent dans l’espace et le temps.
C’est exactement le type de système radar pandémique que les experts en santé publique réclament depuis le COVID-19. Mais en 2019, les efforts de surveillance comparables étaient fragmentaires, sous-financés et rarement liés à une évaluation fonctionnelle des risques. Le contraste est frappant.
Avant l’émergence du SARS-CoV-2, les virologues savaient que les chauves-souris fer à cheval hébergeaient une vaste diversité de coronavirus apparentés au SARS. Une étude de 2017 dans la province chinoise du Yunnan avait identifié des virus dans une seule grotte contenant tous les éléments génétiques constitutifs du SARS-CoV-2. Mais personne ne menait de programmes de surveillance à grande échelle et pluriannuels en Asie du Sud-Est. Personne ne construisait de pseudovirus pour tester si les nouveaux RBD de chauves-souris pouvaient se lier à l’ACE2 humain. Personne n’intégrait l’épidémiologie génomique à la validation fonctionnelle et au suivi spatial. La science existait dans des coins dispersés, mais l’infrastructure pour relier les points n’existait pas.
La Suite
L’étude sur les chauves-souris cambodgiennes démontre de manière convaincante que cette infrastructure peut désormais être construite. Les auteurs appellent explicitement à une surveillance continue aux interfaces homme-animal à haut risque. Le projet BCOMING, dans le cadre duquel ces travaux ont été menés, est conçu précisément pour construire un tel cadre, reliant la découverte d’agents pathogènes dans les points chauds de biodiversité à la planification de la préparation pandémique.
Mais construire le radar n’est que la première étape. Le maintenir en fonctionnement nécessite un financement international soutenu, le renforcement des capacités locales et une volonté politique. L’étude a été soutenue par une multitude d’agences de financement européennes et américaines : BCOMING (subvention Horizon Europe 101059483), RhinoKHoV, ZooCoV (ANR-20-COVI-000), HERA DURABLE et le programme NIH PICREID (U01AI151758). Ces collaborations démontrent ce qui est possible lorsque les réseaux de recherche s’étendent sur plusieurs continents, mais elles soulignent également la fragilité de dépendre de financements de projet à court terme pour ce qui devrait être une capacité de surveillance permanente.
Pour les habitants de Steung Treng et pour la communauté mondiale, les enjeux sont on ne peut plus élevés. Les chauves-souris du nord-est du Cambodge ne hébergent pas une menace lointaine et théorique. Elles sont porteuses de virus qui ont déjà passé le test moléculaire le plus critique pour l’infection humaine. Les données génomiques et fonctionnelles sont désormais disponibles. La question est de savoir si le monde agira différemment qu’il ne l’a fait face aux avertissements précédents ignorés avant 2019.
L’étude publiée aujourd’hui dans Nature Communications (DOI : 10.1038/s41467-026-75954-1) est en libre accès sous licence CC BY 4.0, accessible à tous pour lecture, partage et développement. Cet engagement en faveur de la transparence est en soi un modèle de la manière dont la science pandémique devrait fonctionner. Les données sont publiques. Les méthodes sont reproductibles. Les virus sont cartographiés. Le reste nous appartient.
Traduit par Lydie
Note : Basé sur des reportages de Nature Communications (juin 2026) et des documents du projet BCOMING.